Hesaplamalı Kimya

Bilgisayarlı molekül modelleme, moleküler docking ve moleküler dinamik gibi hesaplamalı kimya alanları ile ilgili yazılar.

Gaussian, Shrödinger Maestro, Hyperchem, ChemDraw ve diğer kimya ile ilgili pek çok yazılımın özellikleri ve kulanımının anlatıldığı makaleler.

Hesaplamalı kimya başta bilgisayarlı molekül modelleme olmak üzere pek çok matematiksel kimya hesaplamasını içine alan geniş bir alandır.

Moleküler docking ve moleküler dinamik protein-ligand etkileşimlerinin hesaplanmasınması başta olmak üzere bir dizi ilaç tasarım çalışmasını içine alır. Hesaplamalı kimya yöntemleri içerisinde FEP+, moleküler docking, moleküler dinamik, ADME hesaplamaları, homoloji modellemeleri ilaç tasarımında önemli çalışmalar olarak dikkat çeker.

İlaç tasarımının dışında hesaplamalı yöntemler materyal bilimi, kuantum kimyası ve bunun gibi pek çok alanda kendine geniş bir yer edinmektedir.

Hesaplamalı yöntemlerin kullanımı gerçeğe yakın modellemelerle deneysel methodlar için zemin hazırlar. Deneysel yaklaşımlara zemin hazırlamasının yanında hesaplamalı yöntemler deneysel yöntemler için yol göstericidir. Bu da hesaplamalı yöntemleri büyük bir tasarruf aracı haline getirmektedir. Çünkü deneysel veriler, hesaplamalı yöntemlerin rehberliğinde yararsız ve gereksiz deneylerin yapılmasını önler. Bu başta ilaç tasarımı olmak üzere büyük tasafların yapılmasını sağlar.

Hesaplamalı yöntemler farklı bilimsel yaklaşımların geliştirilmesini içine alır ve uygulanabilirliği önceden sayısal olarak ifade edilmiş bilimsel yaklaşımlar geliştirilmesine önayak olur.

Tüm bu özellikler hesaplamalı kimya yöntemlerini bilimsel bilgi açısından önemli bir “maden” konumuna getirir.

Hesaplamalı yöntemlerin tüm bu olumlu özelliklerine rağmen bir takım zorlukları vardır. Bunların başında bilgisayarda tasarlanan her deneyin veya hesaplaması yapılan her şeyin deneysel olarak uygulanabilirliğinin ya hiç mümkün olmaması yada uygulanabilirliğinin son derece zor olması gelmektedir. Hesaplamalı kimya gelişmeye devam etmekte ve hesaplamalı yöntemlerin kolay ve etkili kullanımı için pek çok araç hızla geliştirilmektedir. Nesne yönelimli programlamanın bu konuda öne çıkan prensipleri pek çok yaklaşımın kolay ve hızlı kullanımı için önemli bir araç niteliğindedir. Moleküler mekanik ve kuantum mekaniğinin hesaplamalı yöntemlerde farklınalanlarda kullanılması nesne yönelimli programlama ile desteklenerek verimli sonuçlar alınmasını sağlamaktadır.

COVID-19, Moleküler Docking

Covid Aşı Adayları

Kovid-19 salgının patlak vermesi ile beraber virüse karşı aşı çalışmaları byük bir hızla başladı. Pandeminin son bulması için kaynakların son derece hızlı ve bonkörce kullanılması birden fazla covid aşı adayları üzerine çalışmaları beraberinde getirdi. Covid aşı adayları ile ilgili çalışmalar, klasik...

Devamını Oku

Hesaplamalı Kimya, Moleküler Docking

Protein-Protein Docking Yöntemi ile Aprotinin Geri Kazanımı İçin Yeni Ligandların Tasarımı

Aprotinin, kalp cerrahisi ameliyatları başta olmak üzere pek çok kullanım alanına sahip protein bazlı bir ilaçtır. Aprotinin sığır pankreasından geri kazanılarak üretilmektedir. Affinite kramotografisi aprotinin geri kazanımı için kullanılan yöntemlerden biridir. Aprotininin tripsin içeren kolondan geçirilerek...

Devamını Oku

Moleküler Docking, Moleküler Docking Eğitim

AutoDock Vina ile Docking

AutoDock ücretsiz ve kolay kullanımı ile oldukça popüler bir moleküler docking yazılımıdır. Pek çok bakımdan önemli özellikleri içerisinde barındıran AutoDock Vina, ilaç keşif çalışmalarında özellikle ilgi çekmektedir. Litaratürde oldukça sıklıkla karşılaşılan ve kendini kanıtlamış bu yazılım kolay...

Devamını Oku

Moleküler Dinamik, Moleküler Docking

• 6 Comments

Antimalaryal İlaçlar – Yapı Bazlı İlaç Tasarımı

Antimalaryal İlaç Keşfi Glutatyon redüktaz enzimi, canlı yapısında parazit organizmaların hayatta kalması için gerekli enzimlerden birisidir. Bu çalışmada oksitlenmiş glutatyonun, glutatyona dönüşümünü katalizleyerek parazit organizmanın hayatta kalmasını sağlayan glutatyon redüktaz enziminin inhibitör ligand...

Devamını Oku

Moleküler Dinamik

• One Comment

Lennard Jones Potansiyeli ve Moleküler Dinamik Simülasyonlarında Kullanımı

Lennard-Jones potansiyeli bağ yapmayan, yani aralarında belli bir uzaklık bulunan iki taneciğin birbiri ile etkileşiminin potansiyel enerjisini tanecikler arasındaki uzaklığı baz alarak ifade eder. Lennard-Jones potansiyeli moleküler dinamik simülasyonlarında en çok kullanılan potansiyeldir. Moleküler...

Devamını Oku

Moleküler Docking

• 4 Comments

Yanaştırma Nedir? Moleküler Docking Nasıl Yapılır?

Yanaştırma, yani moleküler docking (veya moleküler kenetlenme) pek çok adımdan oluşan karmaşık bir süreçtir. Bu adımları bir örnekle ele alacağız. Bunun için de yapılan başka bir çalışmadan yola çıkacağız. Protein-ligand etkileşimine örnek olarak alttaki videoyu izleyebilirsiniz. Bu videoda Covid-19 polimeraz...

Devamını Oku

Moleküler Dinamik

• 8 Comments

Moleküler Dinamik Simülasyonları

Moleküler Dinamik Nedir? Moleküler dinamik parçacıkların hareketini incelemek için bilgisayar simülasyon yöntemleri kullanılmasıdır. Newton’un hareket denklemini sayısal olarak çözme bu hesaplamanın temelini oluşturmaktadır. Potansiyel enerji fonksiyonu ile yönlenen parçacıkların etkileşimleri (kuvvet alanı)...

Devamını Oku

Moleküller ve Çeşitli Hesaplamaları

Likopen ve Özellikleri

Likopen Likopen karotenoidler sınıfında bir bileşiktir. Karotenoidler, oksidatif stresi önlemeye yardımcı olabilecek serbest radikal temizleyiciler olarak işlev görebilir. Karpuz, domates, guayaba, greyfurt ve papaya gibi meyvelerde bulunan antiradikal maddelerden biri, sağlık yararları sağladığı düşünülen kırmızı...

Devamını Oku

Moleküler Docking

• 7 Comments

Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı (CADD)

Yeni ilaçların geliştirilmesi için in siliko yöntemler giderek daha fazla kullanılmaktadır. Bilgisayar destekli ilaç tasarımı (CADD) ilaç-reseptör, ilaç-enzim etkileşimlerini simüle etmek için hesaplama yöntemlerini kullanan bir disiplindir. Kimyasal moleküllerin 3-D özelliklerini inceleyerek yapılan hesaplamalar...

Devamını Oku

Moleküler Docking

• 9 Comments

Moleküler Docking ve İlaç Tasarımında Kullanımı

Moleküler docking, bir hedef ve ligand arasındaki etkileşim enerjilerini ve bağlanma afinitelerini hesaplayarak öngören bir yöntemdir. Rijid reseptör docking yönteminde, hedef proteinin aktif bölgesindeki amino asit yan zincirleri hareketsiz tutulur, içindeki ligand hareketlidir; en uygun kenetlenmeyi sağlamak için döner,...

Devamını Oku
Close