Hesaplamalı Kimya

Bilgisayarlı molekül modelleme, moleküler docking ve moleküler dinamik gibi hesaplamalı kimya alanları ile ilgili yazılar.

Gaussian, Shrödinger Maestro, Hyperchem, ChemDraw ve diğer kimya ile ilgili pek çok yazılımın özellikleri ve kulanımının anlatıldığı makaleler.

Hesaplamalı kimya başta bilgisayarlı molekül modelleme olmak üzere pek çok matematiksel kimya hesaplamasını içine alan geniş bir alandır.

Moleküler docking ve moleküler dinamik protein-ligand etkileşimlerinin hesaplanmasınması başta olmak üzere bir dizi ilaç tasarım çalışmasını içine alır. Hesaplamalı kimya yöntemleri içerisinde FEP+, moleküler docking, moleküler dinamik, ADME hesaplamaları, homoloji modellemeleri ilaç tasarımında önemli çalışmalar olarak dikkat çeker.

İlaç tasarımının dışında hesaplamalı yöntemler materyal bilimi, kuantum kimyası ve bunun gibi pek çok alanda kendine geniş bir yer edinmektedir.

Hesaplamalı yöntemlerin kullanımı gerçeğe yakın modellemelerle deneysel methodlar için zemin hazırlar. Deneysel yaklaşımlara zemin hazırlamasının yanında hesaplamalı yöntemler deneysel yöntemler için yol göstericidir. Bu da hesaplamalı yöntemleri büyük bir tasarruf aracı haline getirmektedir. Çünkü deneysel veriler, hesaplamalı yöntemlerin rehberliğinde yararsız ve gereksiz deneylerin yapılmasını önler. Bu başta ilaç tasarımı olmak üzere büyük tasafların yapılmasını sağlar.

Hesaplamalı yöntemler farklı bilimsel yaklaşımların geliştirilmesini içine alır ve uygulanabilirliği önceden sayısal olarak ifade edilmiş bilimsel yaklaşımlar geliştirilmesine önayak olur.

Tüm bu özellikler hesaplamalı kimya yöntemlerini bilimsel bilgi açısından önemli bir “maden” konumuna getirir.

Hesaplamalı yöntemlerin tüm bu olumlu özelliklerine rağmen bir takım zorlukları vardır. Bunların başında bilgisayarda tasarlanan her deneyin veya hesaplaması yapılan her şeyin deneysel olarak uygulanabilirliğinin ya hiç mümkün olmaması yada uygulanabilirliğinin son derece zor olması gelmektedir. Hesaplamalı kimya gelişmeye devam etmekte ve hesaplamalı yöntemlerin kolay ve etkili kullanımı için pek çok araç hızla geliştirilmektedir. Nesne yönelimli programlamanın bu konuda öne çıkan prensipleri pek çok yaklaşımın kolay ve hızlı kullanımı için önemli bir araç niteliğindedir. Moleküler mekanik ve kuantum mekaniğinin hesaplamalı yöntemlerde farklınalanlarda kullanılması nesne yönelimli programlama ile desteklenerek verimli sonuçlar alınmasını sağlamaktadır.

Moleküler Docking

• 8 Comments

Moleküler Docking ve Kanser Tedavisinde İlaç Keşfi

Docking ve kanser hastalığı için ilaç arayışına, kanser hastalığını ve onun bazı türlerini tanıyarak başlayalım, her yıl milyonlarca insanı etkileyen aynı aileden geniş bir hastalık sınıfıdır 1. Ayrıca, 2018 yılında Dünya Sağlık Örgütü’nün raporuyla belirlenen ölüm ile biten ilk 10...

Devamını Oku
Close