Moleküler docking, protein-ligand etkileşimi başta olmak üzere bir etkileşimi, hesaplamalı kimya yöntemleri ile belirleme ve eşleşme sonucu oluşan konformasyonu doğeu tahmin etmeye dayanır. Protein-ligand etkileşiminde temel sorun ligandın protein yapı içerisindeki konformasyonunun doğrubtahmin edilmesidir.
Protein-ligand etkileşimi, moleküler docking ile belirlenen konformasyonel değişime dayanır. Bu hesaplama kimya yönteminin doğruluğu kristal yapının kalitesi ile orantılıdır. Bu durumu değiştiren başlıca etken hesaplama yönteminin hassasiyetidir. İyi bir kristal yapıda hassas bir docking uygulaması, hiç bir zaman yüzde yüz olmamak ile birlikte gerçeğe yakın sonuç verecektir ve in vitro çalışmalar başta olmak üzere ilaç tasarımının ileri adınları ile uyumlu sonuç verecektir.
Hesaplamalı kimya bu yöntemlerle ilaç tasarımı, ilaç geliştirme ve ilaç keşfi için büyük maliyet tasarrufu sağlamaktadır.
Moleküler docking hesaplamalarının daha gelişmiş yöntemlerle hesaplanması için indüklenmiş uyum modeli kullanılır. Bu model protein yapının sabit olduğu hesaplamaları aksine protein yapıyı, ona kenetlenmiş ligand ile girdiği etkileşimler neticesinde hareketli hale getirir. Sonuç ise daha kesin ve gerçekçi verilerdir.
Bu aşamadan sonra moleküler dinamik hesaplamaları ile çözücü etkileşimi her atom için hesaba katılarak protein ligand etkileşiminin biyolojik modellemesi yapılır. Bu daha fazla bileşiğin in vitro çalıimalardan önce elenmesi demektir.
Tüm bu hesaplamalı kimya çalışmalarının bütünü, ilaç keşfi çalışmalarının ilk adımını oluşturur. Bu ilk adımdan sonra seçilen bileşikler in vitro ve in vivo çalışmalarda denenir ve en iyi sonuç veren bileşikler bir ilaç adayı olarak faz 3 çalışmalarında kulanılmaya başlanır. Moleküler docking ile başlayan ilaç keşif çalışmaları insan deneyleninin yıllarca süren takibi sonucunda ilaç olarak onay alır. Bu son derece uzun, zorlu ve meşakkatli bir süreçtir. Bu sereyi hesaplamalı kimya yçntemleri ile olabildiğince kısaltmak demek maliyeti son derece düşürmek anlamına gelir.