{"id":105,"count":8,"description":"Molek\u00fcler docking, protein-ligand etkile\u015fimi ba\u015fta olmak \u00fczere bir etkile\u015fimi, hesaplamal\u0131 kimya y\u00f6ntemleri ile belirleme ve e\u015fle\u015fme sonucu olu\u015fan konformasyonu do\u011feu tahmin etmeye dayan\u0131r. Protein-ligand etkile\u015fiminde temel sorun ligand\u0131n protein yap\u0131 i\u00e7erisindeki konformasyonunun do\u011frubtahmin edilmesidir.\r\n\r\nProtein-ligand etkile\u015fimi, molek\u00fcler docking ile belirlenen konformasyonel de\u011fi\u015fime dayan\u0131r. Bu hesaplama kimya y\u00f6nteminin do\u011frulu\u011fu kristal yap\u0131n\u0131n kalitesi ile orant\u0131l\u0131d\u0131r. Bu durumu de\u011fi\u015ftiren ba\u015fl\u0131ca etken hesaplama y\u00f6nteminin hassasiyetidir. \u0130yi bir kristal yap\u0131da hassas bir docking uygulamas\u0131, hi\u00e7 bir zaman y\u00fczde y\u00fcz olmamak ile birlikte ger\u00e7e\u011fe yak\u0131n sonu\u00e7 verecektir ve in vitro \u00e7al\u0131\u015fmalar ba\u015fta olmak \u00fczere ila\u00e7 tasar\u0131m\u0131n\u0131n ileri ad\u0131nlar\u0131 ile uyumlu sonu\u00e7 verecektir.\r\n\r\nHesaplamal\u0131 kimya bu y\u00f6ntemlerle ila\u00e7 tasar\u0131m\u0131, ila\u00e7 geli\u015ftirme ve ila\u00e7 ke\u015ffi i\u00e7in b\u00fcy\u00fck maliyet tasarrufu sa\u011flamaktad\u0131r.\r\n\r\nMolek\u00fcler docking hesaplamalar\u0131n\u0131n daha geli\u015fmi\u015f y\u00f6ntemlerle hesaplanmas\u0131 i\u00e7in ind\u00fcklenmi\u015f uyum modeli kullan\u0131l\u0131r. Bu model protein yap\u0131n\u0131n sabit oldu\u011fu hesaplamalar\u0131 aksine protein yap\u0131y\u0131, ona kenetlenmi\u015f ligand ile girdi\u011fi etkile\u015fimler neticesinde hareketli hale getirir. Sonu\u00e7 ise daha kesin ve ger\u00e7ek\u00e7i verilerdir.\r\n\r\nBu a\u015famadan sonra molek\u00fcler dinamik hesaplamalar\u0131 ile \u00e7\u00f6z\u00fcc\u00fc etkile\u015fimi her atom i\u00e7in hesaba kat\u0131larak protein ligand etkile\u015fiminin biyolojik modellemesi yap\u0131l\u0131r. Bu daha fazla bile\u015fi\u011fin in vitro \u00e7al\u0131imalardan \u00f6nce elenmesi demektir.\r\n\r\nT\u00fcm bu hesaplamal\u0131 kimya \u00e7al\u0131\u015fmalar\u0131n\u0131n b\u00fct\u00fcn\u00fc, ila\u00e7 ke\u015ffi \u00e7al\u0131\u015fmalar\u0131n\u0131n ilk ad\u0131m\u0131n\u0131 olu\u015fturur. Bu ilk ad\u0131mdan sonra se\u00e7ilen bile\u015fikler in vitro ve in vivo \u00e7al\u0131\u015fmalarda denenir ve en iyi sonu\u00e7 veren bile\u015fikler bir ila\u00e7 aday\u0131 olarak faz 3 \u00e7al\u0131\u015fmalar\u0131nda kulan\u0131lmaya ba\u015flan\u0131r. Molek\u00fcler docking ile ba\u015flayan ila\u00e7 ke\u015fif \u00e7al\u0131\u015fmalar\u0131 insan deneyleninin y\u0131llarca s\u00fcren takibi sonucunda ila\u00e7 olarak onay al\u0131r. Bu son derece uzun, zorlu ve me\u015fakkatli bir s\u00fcre\u00e7tir. Bu sereyi hesaplamal\u0131 kimya y\u00e7ntemleri ile olabildi\u011fince k\u0131saltmak demek maliyeti son derece d\u00fc\u015f\u00fcrmek anlam\u0131na gelir.","link":"https:\/\/www.ortaakarsu.net\/?tag=molekuler-docking","name":"molek\u00fcler docking","slug":"molekuler-docking","taxonomy":"post_tag","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.ortaakarsu.net\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/tags\/105","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.ortaakarsu.net\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/tags"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.ortaakarsu.net\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/taxonomies\/post_tag"}],"wp:post_type":[{"href":"https:\/\/www.ortaakarsu.net\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fposts&tags=105"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}