{"id":8,"count":8,"description":"Protein-ligand etkile\u015fimleri, \u00e7e\u015fitli biyolojik s\u00fcre\u00e7leri ve hastal\u0131klar\u0131 d\u00fczenlemede \u00f6nemli bir rol oynar. Molek\u00fcler docking gibi hesaplama ara\u00e7lar\u0131, protein-ligand etkile\u015fimlerini incelemek ve potansiyel olarak aktif ila\u00e7lar\u0131n tasar\u0131m\u0131n\u0131 kolayla\u015ft\u0131rmak i\u00e7in daha h\u0131zl\u0131 ve etkili y\u00f6ntemler sa\u011flar. Docking i\u015flemi, ligand konformasyonunun tahminini ve bir hedef protein ba\u011flanma sahas\u0131 i\u00e7indeki g\u00f6r\u00fcnt\u00fcs\u00fcn\u00fc ve bu t\u00fcr protein-ligand komplekslerinin ba\u011flanma afinitelerinin tahminini i\u00e7erir. Bu nedenle, molek\u00fcler docking, binlerce ila\u00e7 aday\u0131 molek\u00fcl\u00fcn bir protein hedefine kar\u015f\u0131 ba\u011flanma afinitelerini tahmin ederek (puanlayarak) ve s\u0131ralayarak y\u00fcksek verimli sanal taramay\u0131 kolayla\u015ft\u0131r\u0131r ve bu da onu ila\u00e7 ke\u015fif programlar\u0131n\u0131n \u00f6nemli bir bile\u015feni haline getirir.\r\n\r\nMevcut docking protokolleri, algoritmik basitlik ve hesaplama verimlili\u011fi i\u00e7in protein omurgalar\u0131n\u0131 do\u011fal olarak kat\u0131 tutarken, farkl\u0131 konformasyonlar\u0131 ve y\u00f6nelimleri \u00f6rnekleyerek tam ligand esnekli\u011fi sunar. Bununla birlikte, bu protokoller, \u00f6zellikle ba\u011flanmam\u0131\u015f (apo ) bir proteinin yap\u0131s\u0131 veya farkl\u0131 bir ligand (\u00e7apraz yerle\u015ftirme) ile kristalize edilmi\u015f bir ba\u011fl\u0131 resept\u00f6r yap\u0131s\u0131. Bir apo yap\u0131s\u0131na dayal\u0131 yeni ila\u00e7 tasar\u0131m\u0131 i\u00e7in sanal tarama, yerle\u015ftirme programlar\u0131n\u0131n do\u011frulu\u011funu azalt\u0131r. Do\u011fruluktaki azalma, ligand ba\u011flanmas\u0131 \u00fczerine b\u00fcy\u00fck omurga konformasyonel de\u011fi\u015fikliklerinin olduk\u00e7a yayg\u0131n olmas\u0131ndan kaynaklanmaktad\u0131r (Gutteridge ve Thornton, 2005). Asl\u0131nda, protein-ligand ba\u011flanma enerjileri, ba\u011flanma b\u00f6lgesinde k\u00fc\u00e7\u00fck konformasyonel de\u011fi\u015fiklikler g\u00f6zlemlendi\u011finde bile \u00f6nemli \u00f6l\u00e7\u00fcde de\u011fi\u015febilir. Ayr\u0131ca, ba\u011fl\u0131 konformasyonlarla ba\u015flad\u0131klar\u0131 \u00e7apraz yerle\u015ftirme deneyleri durumunda, ayn\u0131 resept\u00f6r farkl\u0131 bir liganda ba\u011fland\u0131\u011f\u0131nda \u00f6nemli bir konformasyonel de\u011fi\u015fikli\u011fe u\u011frar ve bu da docking tahminlerinde yanl\u0131\u015fl\u0131klara yol a\u00e7abilir. Modelleme ba\u011flanma etkile\u015fimlerinin g\u00fcc\u00fc ve kalitesi, resept\u00f6r yap\u0131s\u0131n\u0131n en k\u00fc\u00e7\u00fck detaylar\u0131na duyarl\u0131d\u0131r. Bu nedenle, proteinlerin konformasyonel de\u011fi\u015fikliklerini modelleyen docking protokolleri \u00e7ok daha y\u00fcksek do\u011frulu\u011fa sahip olabilir.\r\n\r\nKonformasyonel bo\u015flu\u011fun y\u00fcksek boyutsall\u0131\u011f\u0131 ve puanlama fonksiyonlar\u0131n\u0131n karma\u015f\u0131kl\u0131\u011f\u0131 nedeniyle molek\u00fcler docking s\u0131ras\u0131nda omurga konformasyonel de\u011fi\u015fikliklerini hesaba katmak hala g\u00fc\u00e7t\u00fcr. uyar\u0131lm\u0131\u015f yerle\u015ftirme ve (ii) toplu yerle\u015ftirme. ind\u00fcklenmi\u015f uyumlu docking (IFD), yan zincir veya s\u0131n\u0131rl\u0131 omurga varyasyonlar\u0131 gibi protein esnekli\u011fini yerle\u015ftirme sim\u00fclasyonu s\u0131ras\u0131nda a\u00e7\u0131k bir \u015fekilde modelleyerek yeni bir konformasyonel alan aray\u0131\u015f\u0131na izin verir.","link":"https:\/\/www.ortaakarsu.net\/?tag=docking","name":"docking","slug":"docking","taxonomy":"post_tag","meta":[],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.ortaakarsu.net\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/tags\/8","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.ortaakarsu.net\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/tags"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.ortaakarsu.net\/index.php?rest_route=\/wp\/v2\/taxonomies\/post_tag"}],"wp:post_type":[{"href":"https:\/\/www.ortaakarsu.net\/index.php?rest_route=%2Fwp%2Fv2%2Fposts&tags=8"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}