Etiket: ilaç keşfi

Belki de geleneksel ilaç keşfi ve geliştirmesindeki en büyük verimsizlik kaynağı, nihai başarı olasılığı düşük olan değerlendirilen bileşiklerin yüksek yüzdesinden kaynaklanmaktadır. Kurşun optimizasyonunda ve erken klinik öncesi geliştirme süreçlerinde yüksek yıpranma oranını ele almak için, “odaklanmış” veya “zenginleştirilmiş” bileşik kitaplıklar, sanal bir ortamda rutin olarak oluşturulur. Seçilen bileşikler daha sonra sentezlenir / satın alınır ve deneysel olarak taranır. Odaklanmış kitaplıktaki her bileşik, spesifik hedef için aktiviteye sahip olma olasılığını ve ayrıca klinik öncesi geliştirme yoluyla nihai hayatta kalma olasılığını artıracak yapısal ve fiziksel özellikler dikkate alındıktan sonra seçilir. Niceliksel yapı − aktivite ilişkisi (QSAR) model (ler) i ve / veya yerleştirme deneyleri, bu odaklanmış bileşik kitaplıkların seçimi için en sık kullanılır.

De novo ligand tasarım yöntemleri, bir reseptörü veya bağlanma alanını yapısal ve / veya enerjik olarak tamamlayan molekülleri tasarlamak için hesaplama yöntemidir. Başarılı de novo tasarım, arzu edilen bağlanma bölgeleri için yüksek bağlanma afinitesine sahip önerilen ligand yapılarıyla sonuçlanır. De novo tasarımı, ligandların ve substratların biyolojik ve deneysel bilgilerinin mevcut olduğu yerlerde en başarılı olmuştur. De novo ligand tasarım yazılımının geliştirilmesine iki ana yaklaşım uygulanmıştır: moleküler parça yaklaşımları ve sıralı büyüme yaklaşımları.

Mevcut de novo ligand tasarım metodolojileri, ilaç keşif programlarında kullanımlarını ve kabullerini ciddi şekilde sınırlayan üç ana eksiklikten muzdariptir. İlk ve en önemli eksiklik, üretilen yapıların büyük bir kısmının sentetik olarak gerçekleştirilemez olmasıdır. Bu, çoğu durumda bağlı fonksiyonel grupları köprülemenin ve tüm fragmanları en uygun konumlarında birleştirmenin kimyasal olarak mümkün olmadığı fragman yöntemleri için özellikle belirgindir.

Yaklaşım, yeni antimalaryal ilaç keşfi için dihidrofolat redüktaz (DHFR) üzerinde test edildi; ancak geliştirilen yöntemler, erken aşamada ilaç keşfi ve geliştirilmesinde geniş çapta uygulanabilmektedir. Bu amaçla, bir ilk parça kitaplığı tanımlandı ve otomatik bir parça birleştirme algoritması oluşturuldu. Bunlar, DHFR inhibisyonuna göre bileşiklerin önceden taranması için bir hesaplamalı zeka tarama aracı ile birleştirildi. Tüm yöntem, bilinen DHFR inhibitörlerinin boşluklarına göre ve kimyasal fizibilite göz önünde bulundurularak test edildi, bu da gelecekteki çalışmalarda NMR doğrulamasına yol açtı.

Haftanın Molekülü

• 3 Comments

Favipiravir Nedir? Favipiravir Yan Etkileri Nelerdir?

Şuan dünyanın dört bir yanından bildirilen 16 milyondan fazla vaka var ve giderek artmakta. Sadece 125 mikron çapında olan SARS-CoV-2, dünyamız üzerinde silinmez bir etki bıraktı. Bu hastalıkla savaşmak için yeni ilaçların yetersizliği ile tıp bilimi, bu yeni koronavirüse karşı etkili olabilecek, yeniden...

Devamını Oku

Haftanın Molekülü

• 2 Comments

hGH, yani İnsan Büyüme Hormonu Nedir?

hGH yani insan büyüme hormonu(DOI: 10.2210/pdb1HGU/pdb) ile ilgili çalışmalar 100 yıldan biraz daha eskidir. İlk olarak boy uzunlaması üzerindeki büyümeye dramatik etkisiyle tanımlanan büyüme hormonunun artık protein, lipid ve karbonhidrat metabolizması üzerinde genelleştirilmiş etkileri olduğu artık...

Devamını Oku

Moleküler Dinamik

• One Comment

Lennard Jones Potansiyeli ve Moleküler Dinamik Simülasyonlarında Kullanımı

Lennard-Jones potansiyeli bağ yapmayan, yani aralarında belli bir uzaklık bulunan iki taneciğin birbiri ile etkileşiminin potansiyel enerjisini tanecikler arasındaki uzaklığı baz alarak ifade eder. Lennard-Jones potansiyeli moleküler dinamik simülasyonlarında en çok kullanılan potansiyeldir. Moleküler...

Devamını Oku

Haftanın Molekülü

• 3 Comments

Testosteron ve Steroid Moleküller

Testosteron Testosteron bir cinsiyet hormonudur. Temelde erkeklik özelliklerini bireyde karakterize eden hormon budur ve androjen hormonların biridir. Erkeklik özelliklerini geliştiren hormonlara androjen hormonlar denir. Başta testosteron olmak üzere cinsiyet hormonlarının hepsi(yani androjen hormonlar ve östrojen hormonlar)...

Devamını Oku

Moleküler Dinamik

• 8 Comments

Moleküler Dinamik Simülasyonları

Moleküler Dinamik Nedir? Moleküler dinamik parçacıkların hareketini incelemek için bilgisayar simülasyon yöntemleri kullanılmasıdır. Newton’un hareket denklemini sayısal olarak çözme bu hesaplamanın temelini oluşturmaktadır. Potansiyel enerji fonksiyonu ile yönlenen parçacıkların etkileşimleri (kuvvet alanı)...

Devamını Oku

Enzimler ve Biyokimya

• 4 Comments

Koronavirüs İlaç Geliştirme Çalışmaları

İlaç Geliştirme Koronavirüs ilaç geliştirme çalışmaları ilk olarak yeniden amaçlandırma ile FDA tarafından onaylanmış ve başka hastalıklar için kullanılan ilaçların koronavirüs ilaç potansiyellerinin belirlenmesidir. Bunun gerekliliği salgın hastalık için acil ilaç gerekmesinden dolayıdır. Etkili olan bir...

Devamını Oku

Haftanın Molekülü

• 3 Comments

Tamoksifen Sitrat

Tamoksifen sitrat göğüs kanserinde kullanılan bir ilaçtır. Anti-östrojen sınıfındadır. Östrojen reseptörlerine yarışmalı olarak inhibisyon yapar. Yani östrojen hormonları, reseptörüne bağlanamadan tamoksifen molekülü gelir ve reseptöre bağlanır. Böylelikle östrojen hormonlarının etkileri bertaraf edilmiş...

Devamını Oku

Moleküler Docking

• 7 Comments

Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı (CADD)

Yeni ilaçların geliştirilmesi için in siliko yöntemler giderek daha fazla kullanılmaktadır. Bilgisayar destekli ilaç tasarımı (CADD) ilaç-reseptör, ilaç-enzim etkileşimlerini simüle etmek için hesaplama yöntemlerini kullanan bir disiplindir. Kimyasal moleküllerin 3-D özelliklerini inceleyerek yapılan hesaplamalar...

Devamını Oku

Moleküler Docking

• 8 Comments

Moleküler Docking ve İlaç Tasarımında Kullanımı

Moleküler docking, bir hedef ve ligand arasındaki etkileşim enerjilerini ve bağlanma afinitelerini hesaplayarak öngören bir yöntemdir. Rijid reseptör docking yönteminde, hedef proteinin aktif bölgesindeki amino asit yan zincirleri hareketsiz tutulur, içindeki ligand hareketlidir; en uygun kenetlenmeyi sağlamak için döner,...

Devamını Oku

Enzimler ve Biyokimya

• 7 Comments

Glutatyon Redüktaz Enzim Aktivitesi

Glutatyon redüktaz aktivitesi ile ilgili bu yazıdaki ligandların sentezi, yapı aydınlatması, in vitro çalışması Prof. Dr. Nurcan Karacan ve Dr. Öğr. Üyesi Turgay TUNÇ‘a aittir. Bu ligandlarla yapılan docking çalışması ve sonuçların yorumlanması Prof. Dr. Nurcan Karacan ve Ahmet B. Ortaakarsu tarafından...

Devamını Oku
Close