Moleküler Docking

Moleküler docking kenetlenme anlamına gelmektedir. Bir molekülün, genellikle protein yapısında bulunan başka bir yer ile etkileşmesini konu alır ve molekülü protein yapının belli bölgelerine, atomların elektro negatiflikleri, bir birine olan konumları, yerleştirmeye tabi tutulacak molekülün konformasyonu gibi pek çok niceliği  de hesaba katarak protein yapıya yerleşimini belirli puan algoritmaları simule eder.

 

Moleküler docking çalışmaları sentezlenen milyonlarca bileşiğin etkili ilaç etken maddeleri olup olmadığının belirlenmesinde büyük rol oynar. Milyonlarca kimyasal maddenin her birinin teker teker in vitro olarak çalışılması imkansızdır ve moleküler docking çalışmaları en etkili olabilecek maddelerin seçilmesinde çok önemli bir role sahiptir.

 

Kimyasal maddenin bir protein yapıya etkisini puan şekline dönüştürerek etkili olması imkansız moleküllerin in vitro ve in vivo çalışmalarının yapılmasını önleyerek maddi olarak büyük tasarruf sağlar. Ayrıca ilgili molekülün bağlanma modlarının doğru tahmini ile molekülün modifikasyonu için zemin hazırlar, daha etkili olması muhtemel moleküllerin sentezi için stratejik alt yapı oluşturur.

 

Docking işlemi resöptör-ligand, enzim-ligand ilişkisini açıklamada önemli bir rol oynar. Uygun antogonist, agonist bileşiklerinin bulunmasında, enzim inhibisyonu çalışmalarında önemli yeri vardır.

 

Moleküler docking çalışmalarının bütün bu önemli ve yararlı özelliklerinin yanında, moleküler dinamik ile desteklenmesi de gerekmektedir. Çünkü protein yapının içine kenetlenen molekül ilk etapta iyi bir kenetlenme sağlamış ve yüksek puanlar elde etmiş olabilir, ancak çözücü içerisindeki hem enzim hem de ilgili molekül etkileşim içinde bulunmaktadır. Bu devinimli ve sinerjik durum kenetlenen molekülün kenetlendiği yerde uzun süre duramayacağı, etkisinin de bağlandığı bölgede kalma süresi ile ilişkili olması itibari ile sınırlı olacağı anlamına gelmektedir. Bu durumun hesaplamalı kimyadaki çözümü moleküler docking işleminin moleküler dinamik ile desteklenmesini gerektiği anlamına gelmektedir.

Moleküler Dinamik, Moleküler Docking

• 5 Comments

Antimalaryal İlaçlar – Yapı Bazlı İlaç Tasarımı

Antimalaryal İlaç Keşfi Glutatyon redüktaz enzimi, canlı yapısında parazit organizmaların hayatta kalması için gerekli enzimlerden birisidir. Bu çalışmada oksitlenmiş glutatyonun, glutatyona dönüşümünü katalizleyerek parazit organizmanın hayatta kalmasını sağlayan glutatyon redüktaz enziminin inhibitör ligand...

Devamını Oku

Moleküler Docking

• 4 Comments

Yanaştırma Nedir? Moleküler Docking Nasıl Yapılır?

Yanaştırma, yani moleküler docking (veya moleküler kenetlenme) pek çok adımdan oluşan karmaşık bir süreçtir. Bu adımları bir örnekle ele alacağız. Bunun için de yapılan başka bir çalışmadan yola çıkacağız. Protein-ligand etkileşimine örnek olarak alttaki videoyu izleyebilirsiniz. Bu videoda Covid-19 polimeraz...

Devamını Oku

Moleküler Docking

• 7 Comments

Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı (CADD)

Yeni ilaçların geliştirilmesi için in siliko yöntemler giderek daha fazla kullanılmaktadır. Bilgisayar destekli ilaç tasarımı (CADD) ilaç-reseptör, ilaç-enzim etkileşimlerini simüle etmek için hesaplama yöntemlerini kullanan bir disiplindir. Kimyasal moleküllerin 3-D özelliklerini inceleyerek yapılan hesaplamalar...

Devamını Oku

Moleküler Docking

• 9 Comments

Moleküler Docking ve İlaç Tasarımında Kullanımı

Moleküler docking, bir hedef ve ligand arasındaki etkileşim enerjilerini ve bağlanma afinitelerini hesaplayarak öngören bir yöntemdir. Rijid reseptör docking yönteminde, hedef proteinin aktif bölgesindeki amino asit yan zincirleri hareketsiz tutulur, içindeki ligand hareketlidir; en uygun kenetlenmeyi sağlamak için döner,...

Devamını Oku

Moleküler Docking

• 8 Comments

Docking ve Kanser Tedavisinde Kullanımı

Docking ve kanser hastalığı için ilaç arayışına, kanser hastalığını ve onun bazı türlerini tanıyarak başlayalım, her yıl milyonlarca insanı etkileyen aynı aileden geniş bir hastalık sınıfıdır 1. Ayrıca, 2018 yılında Dünya Sağlık Örgütü’nün raporuyla belirlenen ölüm ile biten ilk 10...

Devamını Oku
Close