Moleküler docking kenetlenme anlamına gelmektedir. Bir molekülün, genellikle protein yapısında bulunan başka bir yer ile etkileşmesini konu alır ve molekülü protein yapının belli bölgelerine, atomların elektro negatiflikleri, bir birine olan konumları, yerleştirmeye tabi tutulacak molekülün konformasyonu gibi pek çok niceliği  de hesaba katarak protein yapıya yerleşimini belirli puan algoritmaları simule eder.

Moleküler docking çalışmaları sentezlenen milyonlarca bileşiğin etkili ilaç etken maddeleri olup olmadığının belirlenmesinde büyük rol oynar. Milyonlarca kimyasal maddenin her birinin teker teker in vitro olarak çalışılması imkansızdır ve moleküler docking çalışmaları en etkili olabilecek maddelerin seçilmesinde çok önemli bir role sahiptir.

Kimyasal maddenin bir protein yapıya etkisini puan şekline dönüştürerek etkili olması imkansız moleküllerin in vitro ve in vivo çalışmalarının yapılmasını önleyerek maddi olarak büyük tasarruf sağlar. Ayrıca ilgili molekülün bağlanma modlarının doğru tahmini ile molekülün modifikasyonu için zemin hazırlar, daha etkili olması muhtemel moleküllerin sentezi için stratejik alt yapı oluşturur.

Docking işlemi resöptör-ligand, enzim-ligand ilişkisini açıklamada önemli bir rol oynar. Uygun antogonist, agonist bileşiklerinin bulunmasında, enzim inhibisyonu çalışmalarında önemli yeri vardır.

Moleküler docking çalışmalarının bütün bu önemli ve yararlı özelliklerinin yanında, moleküler dinamik ile desteklenmesi de gerekmektedir. Çünkü protein yapının içine kenetlenen molekül ilk etapta iyi bir kenetlenme sağlamış ve yüksek puanlar elde etmiş olabilir, ancak çözücü içerisindeki hem enzim hem de ilgili molekül etkileşim içinde bulunmaktadır. Bu devinimli ve sinerjik durum kenetlenen molekülün kenetlendiği yerde uzun süre duramayacağı, etkisinin de bağlandığı bölgede kalma süresi ile ilişkili olması itibari ile sınırlı olacağı anlamına gelmektedir. Bu durumun hesaplamalı kimyadaki çözümü moleküler docking işleminin moleküler dinamik ile desteklenmesini gerektiği anlamına gelmektedir.