Etiket: docking

Protein-ligand etkileşimleri, çeşitli biyolojik süreçleri ve hastalıkları düzenlemede önemli bir rol oynar. Moleküler docking gibi hesaplama araçları, protein-ligand etkileşimlerini incelemek ve potansiyel olarak aktif ilaçların tasarımını kolaylaştırmak için daha hızlı ve etkili yöntemler sağlar. Docking işlemi, ligand konformasyonunun tahminini ve bir hedef protein bağlanma sahası içindeki görüntüsünü ve bu tür protein-ligand komplekslerinin bağlanma afinitelerinin tahminini içerir. Bu nedenle, moleküler docking, binlerce ilaç adayı molekülün bir protein hedefine karşı bağlanma afinitelerini tahmin ederek (puanlayarak) ve sıralayarak yüksek verimli sanal taramayı kolaylaştırır ve bu da onu ilaç keşif programlarının önemli bir bileşeni haline getirir.

Mevcut docking protokolleri, algoritmik basitlik ve hesaplama verimliliği için protein omurgalarını doğal olarak katı tutarken, farklı konformasyonları ve yönelimleri örnekleyerek tam ligand esnekliği sunar. Bununla birlikte, bu protokoller, özellikle bağlanmamış (apo ) bir proteinin yapısı veya farklı bir ligand (çapraz yerleştirme) ile kristalize edilmiş bir bağlı reseptör yapısı. Bir apo yapısına dayalı yeni ilaç tasarımı için sanal tarama, yerleştirme programlarının doğruluğunu azaltır. Doğruluktaki azalma, ligand bağlanması üzerine büyük omurga konformasyonel değişikliklerinin oldukça yaygın olmasından kaynaklanmaktadır (Gutteridge ve Thornton, 2005). Aslında, protein-ligand bağlanma enerjileri, bağlanma bölgesinde küçük konformasyonel değişiklikler gözlemlendiğinde bile önemli ölçüde değişebilir. Ayrıca, bağlı konformasyonlarla başladıkları çapraz yerleştirme deneyleri durumunda, aynı reseptör farklı bir liganda bağlandığında önemli bir konformasyonel değişikliğe uğrar ve bu da docking tahminlerinde yanlışlıklara yol açabilir. Modelleme bağlanma etkileşimlerinin gücü ve kalitesi, reseptör yapısının en küçük detaylarına duyarlıdır. Bu nedenle, proteinlerin konformasyonel değişikliklerini modelleyen docking protokolleri çok daha yüksek doğruluğa sahip olabilir.

Konformasyonel boşluğun yüksek boyutsallığı ve puanlama fonksiyonlarının karmaşıklığı nedeniyle moleküler docking sırasında omurga konformasyonel değişikliklerini hesaba katmak hala güçtür. uyarılmış yerleştirme ve (ii) toplu yerleştirme. indüklenmiş uyumlu docking (IFD), yan zincir veya sınırlı omurga varyasyonları gibi protein esnekliğini yerleştirme simülasyonu sırasında açık bir şekilde modelleyerek yeni bir konformasyonel alan arayışına izin verir.

Moleküler Dinamik, Moleküler Docking

• 4 Comments

Antimalaryal İlaçlar – Yapı Bazlı İlaç Tasarımı

Antimalaryal İlaç Keşfi Glutatyon redüktaz enzimi, canlı yapısında parazit organizmaların hayatta kalması için gerekli enzimlerden birisidir. Bu çalışmada oksitlenmiş glutatyonun, glutatyona dönüşümünü katalizleyerek parazit organizmanın hayatta kalmasını sağlayan glutatyon redüktaz enziminin inhibitör ligand...

Devamını Oku

Moleküler Docking

• 3 Comments

Yanaştırma Nedir? Moleküler Docking Nasıl Yapılır?

Yanaştırma, yani moleküler docking (veya moleküler kenetlenme) pek çok adımdan oluşan karmaşık bir süreçtir. Bu adımları bir örnekle ele alacağız. Bunun için de yapılan başka bir çalışmadan yola çıkacağız. Protein-ligand etkileşimine örnek olarak alttaki videoyu izleyebilirsiniz. Bu videoda Covid-19 polimeraz...

Devamını Oku

Enzimler ve Biyokimya

• 4 Comments

Koronavirüs İlaç Geliştirme Çalışmaları

İlaç Geliştirme Koronavirüs ilaç geliştirme çalışmaları ilk olarak yeniden amaçlandırma ile FDA tarafından onaylanmış ve başka hastalıklar için kullanılan ilaçların koronavirüs ilaç potansiyellerinin belirlenmesidir. Bunun gerekliliği salgın hastalık için acil ilaç gerekmesinden dolayıdır. Etkili olan bir...

Devamını Oku

Haftanın Molekülü

• 10 Comments

Favicovir Yan Etkileri ve Favicovir Kullananlar

Favicovir Yan Etkileri Corona Virüs’e karşı yerli ilaç Favicovir milli imkanlarla sentezlendi. İlaç ilk olarak favipiravir adıyla Japon bir kimya şirketi tarafından RNA virüslerine karşı sentezlendi. Şuan ise bu ilacın sentezi milli imkanlarla yapılmakta ve Türkiye’de favicovir üretilmekte. Batı Nil ve Sarı...

Devamını Oku

Haftanın Molekülü

• 9 Comments

Raltegravir – İntegraz İnhibitörlerinin İlki

Retrovirüs, HIV vürüsünü de içerisinde barındıran bir virüs ailesidir. Raltagravir gibi etken maddeler ise bu virüs ailesine karşı etkilidir. Antiretroviral olarak raltegravir HIV virüsüne karşı kullanılan bir ilaçtır. HIV virüsüne, reseptöre bağlandığı zamandan hücre içerisindeki işlevlerine kadar pek çok...

Devamını Oku

Haftanın Molekülü

• 3 Comments

Tamoksifen Sitrat

Tamoksifen sitrat göğüs kanserinde kullanılan bir ilaçtır. Anti-östrojen sınıfındadır. Östrojen reseptörlerine yarışmalı olarak inhibisyon yapar. Yani östrojen hormonları, reseptörüne bağlanamadan tamoksifen molekülü gelir ve reseptöre bağlanır. Böylelikle östrojen hormonlarının etkileri bertaraf edilmiş...

Devamını Oku

Moleküller ve Çeşitli Hesaplamaları

Likopen ve Özellikleri

Likopen Likopen karotenoidler sınıfında bir bileşiktir. Karotenoidler, oksidatif stresi önlemeye yardımcı olabilecek serbest radikal temizleyiciler olarak işlev görebilir. Karpuz, domates, guayaba, greyfurt ve papaya gibi meyvelerde bulunan antiradikal maddelerden biri, sağlık yararları sağladığı düşünülen kırmızı...

Devamını Oku

Moleküler Docking

• 7 Comments

Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı (CADD)

Yeni ilaçların geliştirilmesi için in siliko yöntemler giderek daha fazla kullanılmaktadır. Bilgisayar destekli ilaç tasarımı (CADD) ilaç-reseptör, ilaç-enzim etkileşimlerini simüle etmek için hesaplama yöntemlerini kullanan bir disiplindir. Kimyasal moleküllerin 3-D özelliklerini inceleyerek yapılan hesaplamalar...

Devamını Oku

Moleküler Docking

• 8 Comments

Moleküler Docking ve İlaç Tasarımında Kullanımı

Moleküler docking, bir hedef ve ligand arasındaki etkileşim enerjilerini ve bağlanma afinitelerini hesaplayarak öngören bir yöntemdir. Rijid reseptör docking yönteminde, hedef proteinin aktif bölgesindeki amino asit yan zincirleri hareketsiz tutulur, içindeki ligand hareketlidir; en uygun kenetlenmeyi sağlamak için döner,...

Devamını Oku

Enzimler ve Biyokimya

• 7 Comments

Glutatyon Redüktaz Enzim Aktivitesi

Glutatyon redüktaz aktivitesi ile ilgili bu yazıdaki ligandların sentezi, yapı aydınlatması, in vitro çalışması Prof. Dr. Nurcan Karacan ve Dr. Öğr. Üyesi Turgay TUNÇ‘a aittir. Bu ligandlarla yapılan docking çalışması ve sonuçların yorumlanması Prof. Dr. Nurcan Karacan ve Ahmet B. Ortaakarsu tarafından...

Devamını Oku
Close