Protein-ligand etkileşimleri, çeşitli biyolojik süreçleri ve hastalıkları düzenlemede önemli bir rol oynar. Moleküler docking gibi hesaplama araçları, protein-ligand etkileşimlerini incelemek ve potansiyel olarak aktif ilaçların tasarımını kolaylaştırmak için daha hızlı ve etkili yöntemler sağlar. Docking işlemi, ligand konformasyonunun tahminini ve bir hedef protein bağlanma sahası içindeki görüntüsünü ve bu tür protein-ligand komplekslerinin bağlanma afinitelerinin tahminini içerir. Bu nedenle, moleküler docking, binlerce ilaç adayı molekülün bir protein hedefine karşı bağlanma afinitelerini tahmin ederek (puanlayarak) ve sıralayarak yüksek verimli sanal taramayı kolaylaştırır ve bu da onu ilaç keşif programlarının önemli bir bileşeni haline getirir.

Mevcut docking protokolleri, algoritmik basitlik ve hesaplama verimliliği için protein omurgalarını doğal olarak katı tutarken, farklı konformasyonları ve yönelimleri örnekleyerek tam ligand esnekliği sunar. Bununla birlikte, bu protokoller, özellikle bağlanmamış (apo ) bir proteinin yapısı veya farklı bir ligand (çapraz yerleştirme) ile kristalize edilmiş bir bağlı reseptör yapısı. Bir apo yapısına dayalı yeni ilaç tasarımı için sanal tarama, yerleştirme programlarının doğruluğunu azaltır. Doğruluktaki azalma, ligand bağlanması üzerine büyük omurga konformasyonel değişikliklerinin oldukça yaygın olmasından kaynaklanmaktadır (Gutteridge ve Thornton, 2005). Aslında, protein-ligand bağlanma enerjileri, bağlanma bölgesinde küçük konformasyonel değişiklikler gözlemlendiğinde bile önemli ölçüde değişebilir. Ayrıca, bağlı konformasyonlarla başladıkları çapraz yerleştirme deneyleri durumunda, aynı reseptör farklı bir liganda bağlandığında önemli bir konformasyonel değişikliğe uğrar ve bu da docking tahminlerinde yanlışlıklara yol açabilir. Modelleme bağlanma etkileşimlerinin gücü ve kalitesi, reseptör yapısının en küçük detaylarına duyarlıdır. Bu nedenle, proteinlerin konformasyonel değişikliklerini modelleyen docking protokolleri çok daha yüksek doğruluğa sahip olabilir.

Konformasyonel boşluğun yüksek boyutsallığı ve puanlama fonksiyonlarının karmaşıklığı nedeniyle moleküler docking sırasında omurga konformasyonel değişikliklerini hesaba katmak hala güçtür. uyarılmış yerleştirme ve (ii) toplu yerleştirme. indüklenmiş uyumlu docking (IFD), yan zincir veya sınırlı omurga varyasyonları gibi protein esnekliğini yerleştirme simülasyonu sırasında açık bir şekilde modelleyerek yeni bir konformasyonel alan arayışına izin verir.