Etiket: docking

Protein-ligand etkileşimleri, çeşitli biyolojik süreçleri ve hastalıkları düzenlemede önemli bir rol oynar. Moleküler docking gibi hesaplama araçları, protein-ligand etkileşimlerini incelemek ve potansiyel olarak aktif ilaçların tasarımını kolaylaştırmak için daha hızlı ve etkili yöntemler sağlar. Docking işlemi, ligand konformasyonunun tahminini ve bir hedef protein bağlanma sahası içindeki görüntüsünü ve bu tür protein-ligand komplekslerinin bağlanma afinitelerinin tahminini içerir. Bu nedenle, moleküler docking, binlerce ilaç adayı molekülün bir protein hedefine karşı bağlanma afinitelerini tahmin ederek (puanlayarak) ve sıralayarak yüksek verimli sanal taramayı kolaylaştırır ve bu da onu ilaç keşif programlarının önemli bir bileşeni haline getirir.

Mevcut docking protokolleri, algoritmik basitlik ve hesaplama verimliliği için protein omurgalarını doğal olarak katı tutarken, farklı konformasyonları ve yönelimleri örnekleyerek tam ligand esnekliği sunar. Bununla birlikte, bu protokoller, özellikle bağlanmamış (apo ) bir proteinin yapısı veya farklı bir ligand (çapraz yerleştirme) ile kristalize edilmiş bir bağlı reseptör yapısı. Bir apo yapısına dayalı yeni ilaç tasarımı için sanal tarama, yerleştirme programlarının doğruluğunu azaltır. Doğruluktaki azalma, ligand bağlanması üzerine büyük omurga konformasyonel değişikliklerinin oldukça yaygın olmasından kaynaklanmaktadır (Gutteridge ve Thornton, 2005). Aslında, protein-ligand bağlanma enerjileri, bağlanma bölgesinde küçük konformasyonel değişiklikler gözlemlendiğinde bile önemli ölçüde değişebilir. Ayrıca, bağlı konformasyonlarla başladıkları çapraz yerleştirme deneyleri durumunda, aynı reseptör farklı bir liganda bağlandığında önemli bir konformasyonel değişikliğe uğrar ve bu da docking tahminlerinde yanlışlıklara yol açabilir. Modelleme bağlanma etkileşimlerinin gücü ve kalitesi, reseptör yapısının en küçük detaylarına duyarlıdır. Bu nedenle, proteinlerin konformasyonel değişikliklerini modelleyen docking protokolleri çok daha yüksek doğruluğa sahip olabilir.

Konformasyonel boşluğun yüksek boyutsallığı ve puanlama fonksiyonlarının karmaşıklığı nedeniyle moleküler docking sırasında omurga konformasyonel değişikliklerini hesaba katmak hala güçtür. uyarılmış yerleştirme ve (ii) toplu yerleştirme. indüklenmiş uyumlu docking (IFD), yan zincir veya sınırlı omurga varyasyonları gibi protein esnekliğini yerleştirme simülasyonu sırasında açık bir şekilde modelleyerek yeni bir konformasyonel alan arayışına izin verir.

Biyokimya, Haftanın Molekülü

Benzodiazepin Türevleri ve Yan Etkileri

GABAA reseptörleri, hızlı inhibitör nörotransmisyonda yer alan pentamerik ligand kapılı iyon kanallarıdır ve anksiyolitik, antikonvülsan ve sedatif-hipnotik benzodiazepinler tarafından allosterik olarak modüle edilir. Burada prokaryotik homolog ELIC’in de GABA tarafından aktive edildiğini ve benzodiazepinler...

Devamını Oku

COVID-19, Moleküler Docking

Covid Aşı Adayları

Kovid-19 salgının patlak vermesi ile beraber virüse karşı aşı çalışmaları byük bir hızla başladı. Pandeminin son bulması için kaynakların son derece hızlı ve bonkörce kullanılması birden fazla covid aşı adayları üzerine çalışmaları beraberinde getirdi. Covid aşı adayları ile ilgili çalışmalar, klasik...

Devamını Oku

Hesaplamalı Kimya, Moleküler Docking

Protein-Protein Docking Yöntemi ile Aprotinin Geri Kazanımı İçin Yeni Ligandların Tasarımı

Aprotinin, kalp cerrahisi ameliyatları başta olmak üzere pek çok kullanım alanına sahip protein bazlı bir ilaçtır. Aprotinin sığır pankreasından geri kazanılarak üretilmektedir. Affinite kramotografisi aprotinin geri kazanımı için kullanılan yöntemlerden biridir. Aprotininin tripsin içeren kolondan geçirilerek...

Devamını Oku

Eğitim, Moleküler Docking Eğitim

AutoDock Docking için Protein Hazırlama

Daha önceki yazımızda AutoDock Vina ile birlikte gelen AutoDock Tools aracını kullanarak ligandlarımızı nasıl hazırlayacağımızı görmüştük. Eğer bu yazıyı henüz okumadıysanız AutoDock Vina ile Docking adlı yazıyı incelemeniz faydalı olacaktır. Moleküler docking ile ligandınızın belirli bir proteine(belirli...

Devamını Oku

Moleküler Docking Eğitim

Moleküler Docking Nasıl Yapılır?

Moleküler docking nasıl yapılır öğrenmek için öncelikle temel bilgileri edinmek faydalı olacaktır. Bu temel bilgilerin başında kimyasal bağlar konusu gelmektedir. Temel bilgileri edindikten sonra moleküler docking nasıl yapılır sorunu sormaya başlayabilirsiniz. Bu konuda kullanabileceğiniz ücretli ve ücretsiz pek...

Devamını Oku

Eğitim, Moleküler Docking Eğitim

Moleküler Docking Öğren – İleri Seviye

İleri seviye moleküler docking öğren ve analizlerini daha daha iyi yap. Bunun için başta kimyasal bağlar olmak üzere bir dizi temel kimya bilgisini bildiğinizi kabul ediyorum. Moleküler docking eğitim sayfamızda docking konusunda ilk adımı atmak isteyenler için yararlı bilgiler bulunmakta. Burada ise moleküler docking...

Devamını Oku

Eğitim, Moleküler Dinamik Eğitim

Moleküler Dinamik Eğitim

Moleküler dinamik eğitimi ile protein-ligand ve protein-protein kenetlenme çalışmalarınızın moleküler dinamik sonuçları başta olmak üzere, moleküler dinamiğin kullanılabileceği her alanda bilgiler veren, eğitim materyalleri paylaşacağım. Bu materyallere erişim hem ücretli hem de ücretsiz olarak çeşitlenecek....

Devamını Oku

Eğitim, Moleküler Docking Eğitim

Moleküler Docking Eğitim

Moleküler docking eğitim konusunda öğrendiklerimi aktardığım hem ücretli hem de ücretsiz faydalanabileceğiniz bir platformu sizlere tanıtmak istiyorum. Moleküler docking konusu üzerinde uzun süredir çalışmalar yürütüyorum. Pek çok çalışmada yer aldım ve karşılaşılan zorlukları biliyorum. Bu zorlukların...

Devamını Oku

Moleküler Dinamik, Moleküler Docking

• 6 Comments

Antimalaryal İlaçlar – Yapı Bazlı İlaç Tasarımı

Antimalaryal İlaç Keşfi Glutatyon redüktaz enzimi, canlı yapısında parazit organizmaların hayatta kalması için gerekli enzimlerden birisidir. Bu çalışmada oksitlenmiş glutatyonun, glutatyona dönüşümünü katalizleyerek parazit organizmanın hayatta kalmasını sağlayan glutatyon redüktaz enziminin inhibitör ligand...

Devamını Oku

Moleküler Docking

• 4 Comments

Yanaştırma Nedir? Moleküler Docking Nasıl Yapılır?

Yanaştırma, yani moleküler docking (veya moleküler kenetlenme) pek çok adımdan oluşan karmaşık bir süreçtir. Bu adımları bir örnekle ele alacağız. Bunun için de yapılan başka bir çalışmadan yola çıkacağız. Protein-ligand etkileşimine örnek olarak alttaki videoyu izleyebilirsiniz. Bu videoda Covid-19 polimeraz...

Devamını Oku
Close