Yanaştırma Nedir? Moleküler Docking Nasıl Yapılır?
Yanaştırma, yani moleküler docking (veya moleküler kenetlenme) pek çok adımdan oluşan karmaşık bir süreçtir. Bu adımları bir örnekle ele alacağız. Bunun için de yapılan başka bir çalışmadan yola çıkacağız. Protein-ligand etkileşimine örnek olarak alttaki videoyu izleyebilirsiniz. Bu videoda Covid-19 polimeraz...
Koronavirüs İlaç Geliştirme Çalışmaları
İlaç Geliştirme Koronavirüs ilaç geliştirme çalışmaları ilk olarak yeniden amaçlandırma ile FDA tarafından onaylanmış ve başka hastalıklar için kullanılan ilaçların koronavirüs ilaç potansiyellerinin belirlenmesidir. Bunun gerekliliği salgın hastalık için acil ilaç gerekmesinden dolayıdır. Etkili olan bir...
Raltegravir – İntegraz İnhibitörlerinin İlki
Retrovirüs, HIV vürüsünü de içerisinde barındıran bir virüs ailesidir. Raltagravir gibi etken maddeler ise bu virüs ailesine karşı etkilidir. Antiretroviral olarak raltegravir HIV virüsüne karşı kullanılan bir ilaçtır. HIV virüsüne, reseptöre bağlandığı zamandan hücre içerisindeki işlevlerine kadar pek çok...
Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı (CADD)
Yeni ilaçların geliştirilmesi için in siliko yöntemler giderek daha fazla kullanılmaktadır. Bilgisayar destekli ilaç tasarımı (CADD) ilaç-reseptör, ilaç-enzim etkileşimlerini simüle etmek için hesaplama yöntemlerini kullanan bir disiplindir. Kimyasal moleküllerin 3-D özelliklerini inceleyerek yapılan hesaplamalar...
Moleküler Docking ve İlaç Tasarımında Kullanımı
Moleküler docking, bir hedef ve ligand arasındaki etkileşim enerjilerini ve bağlanma afinitelerini hesaplayarak öngören bir yöntemdir. Rijid reseptör docking yönteminde, hedef proteinin aktif bölgesindeki amino asit yan zincirleri hareketsiz tutulur, içindeki ligand hareketlidir; en uygun kenetlenmeyi sağlamak için döner,...
Glutatyon Redüktaz Enzim Aktivitesi
Glutatyon redüktaz aktivitesi ile ilgili bu yazıdaki ligandların sentezi, yapı aydınlatması, in vitro çalışması Prof. Dr. Nurcan Karacan ve Dr. Öğr. Üyesi Turgay TUNÇ‘a aittir. Bu ligandlarla yapılan docking çalışması ve sonuçların yorumlanması Prof. Dr. Nurcan Karacan ve Ahmet B. Ortaakarsu tarafından...
