Etiket: moleküler docking

Moleküler docking, protein-ligand etkileşimi başta olmak üzere bir etkileşimi, hesaplamalı kimya yöntemleri ile belirleme ve eşleşme sonucu oluşan konformasyonu doğeu tahmin etmeye dayanır. Protein-ligand etkileşiminde temel sorun ligandın protein yapı içerisindeki konformasyonunun doğrubtahmin edilmesidir.

Protein-ligand etkileşimi, moleküler docking ile belirlenen konformasyonel değişime dayanır. Bu hesaplama kimya yönteminin doğruluğu kristal yapının kalitesi ile orantılıdır. Bu durumu değiştiren başlıca etken hesaplama yönteminin hassasiyetidir. İyi bir kristal yapıda hassas bir docking uygulaması, hiç bir zaman yüzde yüz olmamak ile birlikte gerçeğe yakın sonuç verecektir ve in vitro çalışmalar başta olmak üzere ilaç tasarımının ileri adınları ile uyumlu sonuç verecektir.

Hesaplamalı kimya bu yöntemlerle ilaç tasarımı, ilaç geliştirme ve ilaç keşfi için büyük maliyet tasarrufu sağlamaktadır.

Moleküler docking hesaplamalarının daha gelişmiş yöntemlerle hesaplanması için indüklenmiş uyum modeli kullanılır. Bu model protein yapının sabit olduğu hesaplamaları aksine protein yapıyı, ona kenetlenmiş ligand ile girdiği etkileşimler neticesinde hareketli hale getirir. Sonuç ise daha kesin ve gerçekçi verilerdir.

Bu aşamadan sonra moleküler dinamik hesaplamaları ile çözücü etkileşimi her atom için hesaba katılarak protein ligand etkileşiminin biyolojik modellemesi yapılır. Bu daha fazla bileşiğin in vitro çalıimalardan önce elenmesi demektir.

Tüm bu hesaplamalı kimya çalışmalarının bütünü, ilaç keşfi çalışmalarının ilk adımını oluşturur. Bu ilk adımdan sonra seçilen bileşikler in vitro ve in vivo çalışmalarda denenir ve en iyi sonuç veren bileşikler bir ilaç adayı olarak faz 3 çalışmalarında kulanılmaya başlanır. Moleküler docking ile başlayan ilaç keşif çalışmaları insan deneyleninin yıllarca süren takibi sonucunda ilaç olarak onay alır. Bu son derece uzun, zorlu ve meşakkatli bir süreçtir. Bu sereyi hesaplamalı kimya yçntemleri ile olabildiğince kısaltmak demek maliyeti son derece düşürmek anlamına gelir.

Haftanın Molekülü

• 2 Comments

Remdesivir, Covid-19 için Umut Vadeden İlaç

Remdesivir hakkında bir NIAID çalışmasından elde edilen sınırlı sonuçlar, ilacın COVID-19 hastalarının daha hızlı iyileşmesine yardımcı olduğunu gösteriyor. ABD Ulusal Alerji ve Bulaşıcı Hastalıklar Enstitüsü tarafından yürütülen bir denemeden 29 Nisan’da yayınlanan sınırlı verilere göre, Gilead...

Devamını Oku

Moleküler Dinamik, Moleküler Docking

• 4 Comments

Antimalaryal İlaçlar – Yapı Bazlı İlaç Tasarımı

Antimalaryal İlaç Keşfi Glutatyon redüktaz enzimi, canlı yapısında parazit organizmaların hayatta kalması için gerekli enzimlerden birisidir. Bu çalışmada oksitlenmiş glutatyonun, glutatyona dönüşümünü katalizleyerek parazit organizmanın hayatta kalmasını sağlayan glutatyon redüktaz enziminin inhibitör ligand...

Devamını Oku

Moleküler Docking

• 3 Comments

Yanaştırma Nedir? Moleküler Docking Nasıl Yapılır?

Yanaştırma, yani moleküler docking (veya moleküler kenetlenme) pek çok adımdan oluşan karmaşık bir süreçtir. Bu adımları bir örnekle ele alacağız. Bunun için de yapılan başka bir çalışmadan yola çıkacağız. Protein-ligand etkileşimine örnek olarak alttaki videoyu izleyebilirsiniz. Bu videoda Covid-19 polimeraz...

Devamını Oku

Enzimler ve Biyokimya

• 4 Comments

Koronavirüs İlaç Geliştirme Çalışmaları

İlaç Geliştirme Koronavirüs ilaç geliştirme çalışmaları ilk olarak yeniden amaçlandırma ile FDA tarafından onaylanmış ve başka hastalıklar için kullanılan ilaçların koronavirüs ilaç potansiyellerinin belirlenmesidir. Bunun gerekliliği salgın hastalık için acil ilaç gerekmesinden dolayıdır. Etkili olan bir...

Devamını Oku

Haftanın Molekülü

• 9 Comments

Raltegravir – İntegraz İnhibitörlerinin İlki

Retrovirüs, HIV vürüsünü de içerisinde barındıran bir virüs ailesidir. Raltagravir gibi etken maddeler ise bu virüs ailesine karşı etkilidir. Antiretroviral olarak raltegravir HIV virüsüne karşı kullanılan bir ilaçtır. HIV virüsüne, reseptöre bağlandığı zamandan hücre içerisindeki işlevlerine kadar pek çok...

Devamını Oku

Haftanın Molekülü

• 3 Comments

Tamoksifen Sitrat

Tamoksifen sitrat göğüs kanserinde kullanılan bir ilaçtır. Anti-östrojen sınıfındadır. Östrojen reseptörlerine yarışmalı olarak inhibisyon yapar. Yani östrojen hormonları, reseptörüne bağlanamadan tamoksifen molekülü gelir ve reseptöre bağlanır. Böylelikle östrojen hormonlarının etkileri bertaraf edilmiş...

Devamını Oku

Moleküller ve Çeşitli Hesaplamaları

Likopen ve Özellikleri

Likopen Likopen karotenoidler sınıfında bir bileşiktir. Karotenoidler, oksidatif stresi önlemeye yardımcı olabilecek serbest radikal temizleyiciler olarak işlev görebilir. Karpuz, domates, guayaba, greyfurt ve papaya gibi meyvelerde bulunan antiradikal maddelerden biri, sağlık yararları sağladığı düşünülen kırmızı...

Devamını Oku

Moleküler Docking

• 7 Comments

Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı (CADD)

Yeni ilaçların geliştirilmesi için in siliko yöntemler giderek daha fazla kullanılmaktadır. Bilgisayar destekli ilaç tasarımı (CADD) ilaç-reseptör, ilaç-enzim etkileşimlerini simüle etmek için hesaplama yöntemlerini kullanan bir disiplindir. Kimyasal moleküllerin 3-D özelliklerini inceleyerek yapılan hesaplamalar...

Devamını Oku

Moleküler Docking

• 8 Comments

Moleküler Docking ve İlaç Tasarımında Kullanımı

Moleküler docking, bir hedef ve ligand arasındaki etkileşim enerjilerini ve bağlanma afinitelerini hesaplayarak öngören bir yöntemdir. Rijid reseptör docking yönteminde, hedef proteinin aktif bölgesindeki amino asit yan zincirleri hareketsiz tutulur, içindeki ligand hareketlidir; en uygun kenetlenmeyi sağlamak için döner,...

Devamını Oku

Enzimler ve Biyokimya

• 7 Comments

Glutatyon Redüktaz Enzim Aktivitesi

Glutatyon redüktaz aktivitesi ile ilgili bu yazıdaki ligandların sentezi, yapı aydınlatması, in vitro çalışması Prof. Dr. Nurcan Karacan ve Dr. Öğr. Üyesi Turgay TUNÇ‘a aittir. Bu ligandlarla yapılan docking çalışması ve sonuçların yorumlanması Prof. Dr. Nurcan Karacan ve Ahmet B. Ortaakarsu tarafından...

Devamını Oku
Close