Etiket: moleküler docking

Moleküler docking, protein-ligand etkileşimi başta olmak üzere bir etkileşimi, hesaplamalı kimya yöntemleri ile belirleme ve eşleşme sonucu oluşan konformasyonu doğeu tahmin etmeye dayanır. Protein-ligand etkileşiminde temel sorun ligandın protein yapı içerisindeki konformasyonunun doğrubtahmin edilmesidir.

Protein-ligand etkileşimi, moleküler docking ile belirlenen konformasyonel değişime dayanır. Bu hesaplama kimya yönteminin doğruluğu kristal yapının kalitesi ile orantılıdır. Bu durumu değiştiren başlıca etken hesaplama yönteminin hassasiyetidir. İyi bir kristal yapıda hassas bir docking uygulaması, hiç bir zaman yüzde yüz olmamak ile birlikte gerçeğe yakın sonuç verecektir ve in vitro çalışmalar başta olmak üzere ilaç tasarımının ileri adınları ile uyumlu sonuç verecektir.

Hesaplamalı kimya bu yöntemlerle ilaç tasarımı, ilaç geliştirme ve ilaç keşfi için büyük maliyet tasarrufu sağlamaktadır.

Moleküler docking hesaplamalarının daha gelişmiş yöntemlerle hesaplanması için indüklenmiş uyum modeli kullanılır. Bu model protein yapının sabit olduğu hesaplamaları aksine protein yapıyı, ona kenetlenmiş ligand ile girdiği etkileşimler neticesinde hareketli hale getirir. Sonuç ise daha kesin ve gerçekçi verilerdir.

Bu aşamadan sonra moleküler dinamik hesaplamaları ile çözücü etkileşimi her atom için hesaba katılarak protein ligand etkileşiminin biyolojik modellemesi yapılır. Bu daha fazla bileşiğin in vitro çalıimalardan önce elenmesi demektir.

Tüm bu hesaplamalı kimya çalışmalarının bütünü, ilaç keşfi çalışmalarının ilk adımını oluşturur. Bu ilk adımdan sonra seçilen bileşikler in vitro ve in vivo çalışmalarda denenir ve en iyi sonuç veren bileşikler bir ilaç adayı olarak faz 3 çalışmalarında kulanılmaya başlanır. Moleküler docking ile başlayan ilaç keşif çalışmaları insan deneyleninin yıllarca süren takibi sonucunda ilaç olarak onay alır. Bu son derece uzun, zorlu ve meşakkatli bir süreçtir. Bu sereyi hesaplamalı kimya yçntemleri ile olabildiğince kısaltmak demek maliyeti son derece düşürmek anlamına gelir.

COVID-19

Covid-19 Antibody Tedavisi

Covid-19 salgının patlak vermesi ile birlikte tedavi edici protokellerin geliştirilmeye başlaması süreci başladır. Covid-19 antibody tedavileri bunlardan biridir. Maddi olarak pahalı olan Covid-19 antibody tedavileri geliştirilmeye başlandıkça fiyatlarında kayda değer bir değişim gözlenebilir. Bu da tedavinin...

Devamını Oku

Biyokimya, Haftanın Molekülü

Benzodiazepin Türevleri ve Yan Etkileri

GABAA reseptörleri, hızlı inhibitör nörotransmisyonda yer alan pentamerik ligand kapılı iyon kanallarıdır ve anksiyolitik, antikonvülsan ve sedatif-hipnotik benzodiazepinler tarafından allosterik olarak modüle edilir. Burada prokaryotik homolog ELIC’in de GABA tarafından aktive edildiğini ve benzodiazepinler...

Devamını Oku

COVID-19, Moleküler Docking

Covid Aşı Adayları

Kovid-19 salgının patlak vermesi ile beraber virüse karşı aşı çalışmaları byük bir hızla başladı. Pandeminin son bulması için kaynakların son derece hızlı ve bonkörce kullanılması birden fazla covid aşı adayları üzerine çalışmaları beraberinde getirdi. Covid aşı adayları ile ilgili çalışmalar, klasik...

Devamını Oku

Hesaplamalı Kimya, Moleküler Docking

Protein-Protein Docking Yöntemi ile Aprotinin Geri Kazanımı İçin Yeni Ligandların Tasarımı

Aprotinin, kalp cerrahisi ameliyatları başta olmak üzere pek çok kullanım alanına sahip protein bazlı bir ilaçtır. Aprotinin sığır pankreasından geri kazanılarak üretilmektedir. Affinite kramotografisi aprotinin geri kazanımı için kullanılan yöntemlerden biridir. Aprotininin tripsin içeren kolondan geçirilerek...

Devamını Oku

Eğitim, Moleküler Docking Eğitim

AutoDock Docking için Protein Hazırlama

Daha önceki yazımızda AutoDock Vina ile birlikte gelen AutoDock Tools aracını kullanarak ligandlarımızı nasıl hazırlayacağımızı görmüştük. Eğer bu yazıyı henüz okumadıysanız AutoDock Vina ile Docking adlı yazıyı incelemeniz faydalı olacaktır. Moleküler docking ile ligandınızın belirli bir proteine(belirli...

Devamını Oku

Moleküler Docking, Moleküler Docking Eğitim

AutoDock Vina ile Docking

AutoDock ücretsiz ve kolay kullanımı ile oldukça popüler bir moleküler docking yazılımıdır. Pek çok bakımdan önemli özellikleri içerisinde barındıran AutoDock Vina, ilaç keşif çalışmalarında özellikle ilgi çekmektedir. Litaratürde oldukça sıklıkla karşılaşılan ve kendini kanıtlamış bu yazılım kolay...

Devamını Oku

Moleküler Docking Eğitim

Moleküler Docking Nasıl Yapılır?

Moleküler docking nasıl yapılır öğrenmek için öncelikle temel bilgileri edinmek faydalı olacaktır. Bu temel bilgilerin başında kimyasal bağlar konusu gelmektedir. Temel bilgileri edindikten sonra moleküler docking nasıl yapılır sorunu sormaya başlayabilirsiniz. Bu konuda kullanabileceğiniz ücretli ve ücretsiz pek...

Devamını Oku

Eğitim, Moleküler Docking Eğitim

Moleküler Docking Öğren – İleri Seviye

İleri seviye moleküler docking öğren ve analizlerini daha daha iyi yap. Bunun için başta kimyasal bağlar olmak üzere bir dizi temel kimya bilgisini bildiğinizi kabul ediyorum. Moleküler docking eğitim sayfamızda docking konusunda ilk adımı atmak isteyenler için yararlı bilgiler bulunmakta. Burada ise moleküler docking...

Devamını Oku

Eğitim, Moleküler Dinamik Eğitim

Moleküler Dinamik Eğitim

Moleküler dinamik eğitimi ile protein-ligand ve protein-protein kenetlenme çalışmalarınızın moleküler dinamik sonuçları başta olmak üzere, moleküler dinamiğin kullanılabileceği her alanda bilgiler veren, eğitim materyalleri paylaşacağım. Bu materyallere erişim hem ücretli hem de ücretsiz olarak çeşitlenecek....

Devamını Oku

Eğitim, Moleküler Docking Eğitim

Moleküler Docking Eğitim

Moleküler docking eğitim konusunda öğrendiklerimi aktardığım hem ücretli hem de ücretsiz faydalanabileceğiniz bir platformu sizlere tanıtmak istiyorum. Moleküler docking konusu üzerinde uzun süredir çalışmalar yürütüyorum. Pek çok çalışmada yer aldım ve karşılaşılan zorlukları biliyorum. Bu zorlukların...

Devamını Oku
Close