Written by 23:18 Eğitim, Moleküler Docking Eğitim

AutoDock Docking için Protein Hazırlama

Daha önceki yazımızda AutoDock Vina ile birlikte gelen AutoDock Tools aracını kullanarak ligandlarımızı nasıl hazırlayacağımızı görmüştük. Eğer bu yazıyı henüz okumadıysanız AutoDock Vina ile Docking adlı yazıyı incelemeniz faydalı olacaktır.

Moleküler docking ile ligandınızın belirli bir proteine(belirli bir bölge için) olan afinitesini hesaplamalı olarak belirleyebilirsiniz. Elde edilen skorun basit bir matematik işlemi olduğunu ve sonuçların ligandınızın proteine bağlanma şeklinin asıl önemli olan nokta olduğunu unutmayınız. AutoDock Vina kullanarak moleküler docking yapmak için hazırladığınız ligandların yanında proteini de hazırlamanız gerekmektedir. Protein yapının hazırlanması bu yazının konusunu oluşturmakta.

Öncelikle size en uygun, yani çalışmanızda kullandığınız protein yapıyı seçmelisiniz. Size en uygun protein yapıyı seçerken dikkat etmeniz gereken pek çok ayrıntı var. Bu ayrıntılardan bazılarına superpeer’da değindim. Ücretli abone olarak bu ayrıntılara giriş yapabilirsiniz. Ayrıca benden birebir eğitim almak için superpeer’ı kullanabilirsiniz. Protein yapının hazırlanması ve diğer şeylerle ilgili daha fazla bilgi için tıklayınız.

Daha çeşitli eğitim materyalleri için Eğitimler sayfasını ziyaret edebilirsiniz. Yapılmış moleküler docking çalışmaları için bir örnek ise Antimalaryal İlaçlar – Yapı Bazlı İlaç Tasarımı göz atmak isteyeceğiniz araştırmalardan birisi.

Protein Yapının İçerisinden Ligandların Çıkarılması

Protein yapı PDB’den indirildiği haliyle ligandlar içeriyor olabilir. Bu ligandları çıkarmak moleküler docking işlemin doğru gerçekleşmesi için önemlidir. Özellikle inhibitör ligandların protein yapı ile beraber gelmesi sizin ligandlarınızın o bölgeye kenetlenmesini engelleyecektir. Protein yapıdan ligandları çıkarmak için AutoDock Tools aracını kullanabilirsiniz.

Moleküler Docking İçin Protein Yapının Hazırlanması

Konumuza geri dönecek olursak; çalışmanızda kullanacağınız protein yapıyı seçtikten sonra protein yapının moleküler docking için hazırlanması işlemine geçebiliriz. Protein yapı PDB’den ilk indirildiği haliyle hidrojenleri eksik, çeşitli iyonlar barındırabilir, çözücü molekülleri tarafından sarılmış, çeşitli ligandlar kenetlenmiş olarak gelebilmektedir. Bu yapının düzenlenmesi ve moleküler docking işlemine hazır hale getirilmesi protein hazırlama işleminin amacıdır.

Protein yapıdaki suların tümü protein hazırlama işleminin ilk adımı olarak silinir. Bunun nedeni ise moleküler docking yapacağınız bölgede bulunan su molekülleri ligandınızın bölgeye ulaşmasına engel olabilir(teoride). Sonrasında protein yapıya kenetli olarak gelen ligandlar silinir. Bunun nedini ise zaten o ligand yerine docking yapmak istememizdir(eğer ligand varsa).

Sonraki adımda yükler protein yapıya eklenir. En son olarak ise polar hidrojenler protein yapıya eklenerek protein yapı grid hazırlama işlemine uygun hale getirilir.

AutoDock docking
AutoDock Docking Protein Hazırlama

Grid hazırlama işleminin ilk adımı kullanacağımız protein yapıyı yazılıma göstermektir. Bunun için grid sekmesinden görüntüdeki yol izlenir ve halihazırda işlemleri yaptığınız yapı seçilir. Bu aşamadan sonra AutoDock docking yapma işlemine geçmeye yaklaşmış bulunmaktayız. Bu aşamadan sonraki adımlarda AutoDock docking nasıl yapılır ve AutoDock Vina nasıl kullanılır bunlara değineceğiz.

(Visited 210 times, 1 visits today)
Etiketler: , , , , Last modified: 31 Temmuz 2021
Close