Moleküler dinamik eğitimi ile protein-ligand ve protein-protein kenetlenme çalışmalarınızın moleküler dinamik sonuçları başta olmak üzere, moleküler dinamiğin kullanılabileceği her alanda bilgiler veren, eğitim materyalleri paylaşacağım. Bu materyallere erişim hem ücretli hem de ücretsiz olarak çeşitlenecek. Benden birebir moleküler dinamik eğitim ile sizin sonuçlarınızı incelememi isterseniz Superpeer profilime göz atabilirsiniz.
Bire bir eğitimler sadece sonuç çıktılarının yorumlanması üzerinedir ve Superpeer üzerinden yürütülecektir. Simülasyonların hazırlanması gibi konularda çok fazla kaynak bulunmakta. Bu yüzden moleküler dinamik eğitimi ile ilgili olarak simülasyonların hazırlık süreçleri ile ilgili materyal paylaşmayı düşünmüyorum. Bunun haricinde her şey Moleküler Docking Eğitim yazısında anlatıldığı gibi olacaktır. Eğer moleküler docking ile de ilgileniyorsanız aşağıda sizin için internet sitemde bulunan moleküler docking yazılarının bir kısmı bulunmakta:
- Yanaştırma Nedir? Moleküler Docking Nasıl Yapılır?
- Moleküler Docking ve İlaç Tasarımında Kullanımı
- Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı (CADD)
Moleküler dinamik simülasyonları ile ilgili temel bilgiye sahip olmanız, eğitimlerin verimli geçmesi için birincil önceliğimiz olarak karşımıza çıkıyor. Bu çerçevede moleküler dinamik simülasyonları ile ilgili temel bilgilerin yer aldığı yazılarım aşağıda listelenmiştir. Moleküler dinamik eğitim ve analizi için gerekli temel bilgilere aşağıdaki bağlantılardan erişebilirsiniz:
- Moleküler Dinamik Simülasyonları
- Lennard Jones Potansiyeli ve Moleküler Dinamik Simülasyonlarında Kullanımı
Moleküler dinamik simülasyonlarını nasıl gerçekleştireceğiniz tamamen size kalmış. Yani istediğiniz yazılımı kullanabilirsiniz. Eğitimler sadece sonuç çıktılarının değerlendirilmesi üzerine olacaktır. Simülasyonları nasıl gerçekleştireceğiniz konusunda internette kaynaklar bulunmaktadır.
Ben Desmond ve GROMACS öneriyorum. Desmond’ı kolayca ve bir kaç dakika içerisinde moleküler dinamik simülasyonlarınızı başlatabileceğinizden dolayı, GROMACS’ı ise hem ücretsiz hem verimli olduğu için öneriyorum. Desmond’ın ücretli bir yazılım olduğunu unutmayınız. Desmond’ı her hangi bir şekilde temin edebiliyorsanız moleküler dinamik eğitim ve analizi için büyük kolaylık sağlayacaktır. Sıfırdan başlıyorsanız bunları aklınızda bulundurmanızı öneririm.
Moleküler Dinamik Eğitim ve Analizi
Moleküler dinamik çıktılarınızın analizini sizin de öğrenmenizi sağlayarak birlikte gerçekleştirdiğimiz birebir eğitimler için yapmanız gerekenler;
- Sonuç çıktılarınızı rahat anlaşılır şekilde derlemeniz ve bir araya getirmeniz gerekiyor.
- Trajektoriyi rahat anlaşılır şekilde oluşturmanız gerekmektedir.
- Simülasyonunuzun süresinin amacınızla uyumlu olduğundan emin olmanız. Örnek vermem gerekirse protein-ligand kenetlenmesinin verimini analiz etmek için yaptığınız bir simülasyon en az 50 nano saniye olmalıdır. Simülasyonu kullanarak ligandlar arasında eleme yapma gibi bir amacınız varsa bu örneği göz ardı ediniz. Çünkü ligand sayısına bağlı olarak 1 nano saniye civarı bile analiz için kullanılabilir).
- Moleküler dinamik eğitim ve analizin literatür ile uyumlu olması, yani sorunsuz bir eğitim için konunuz ile ilgili özet bilgileri anlatabilmeniz. Özellikle bir membran proteini ile çalışıyorsanız bu konu oldukça önemli.
- Moleküler dinamik çalışmanız moleküler docking içermiyorsa amacınızı iyi bir şekilde anlatabilmeniz gerekmektedir.
Moleküler dinamik eğitimi ve analizi için özellikle analizi karmaşık olan protein-ligand kenetlenmelerinin analizine öncelik verdiğimi görebilirsiniz. Ancak diğer konulardaki moleküler dinamik sonuçlarında zorlanıyorsanız bunlar içinde eğitim gerçekleştireceğiz. Moleküler dinamik öğrenmeye başlamadan önce Moleküler Docking Öğren – İleri Seviye yazısını okumanızı ve özellikle protein-ligand kenetlenmesi ile ilgileniyorsanız bu konuda ileri seviyede bilgi sahibi olmanız faydanıza olacaktır.
